Sân bay Kaunas bắt đầu hoạt động vào năm 1988 khi các hoạt động của sân bay đã được chuyển từ sân bay S. Darius và S. Girėnas, là một sân bay khác gần Kaunas. Năm 1991, sau khi Litva độc lập, sân bay này đã trở thành sân bay quốc tế. Năm 1996, nó đã trở thành một thành viên Hội đồng của sân bay quốc tế (ACI) và bắt đầu tham gia vào các hoạt động của hiệp hội "sân bay Litva". Sân bay Kaunas phục vụ các máy bay Yak-40, và Yak-42 của chi nhánh Aeroflot địa phương từ năm 1988. Tầm bay vừa phải và có một số chuyến bay theo lịch trình từ Kaunas đến Kiev, Kharkiv, Moskva, Odessa, Simferopol, và Siauliai. Hãng hàng không khu vực Air Lithuania ở Kaunas hoạt động đã lên kế hoạch và những chuyến bay thuê bao từ Kaunas đi Budapest, Billund, Hamburg, Malmö, và Oslo từ năm 1993 đến năm 2004.